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表现出只支持正一，不支持全真的意向，后来的实际作法确是如此，朱元璋及其继任者召见的大多是正一天师及其门徒，道录司各级道官也大都以他们充任，全真道士被召见和受委任者极少，全真道首领并不住在白云观，出现群龙无首的局面。
在上述情况下，全真道分裂为诸多小派进行独自的活动，其正宗为“七真派。”
即宗邱处机的龙门派，宗刘处玄的随山派，宗潭处端的南无派，宗马钰的遇仙派，宗王处一的嵛山派，宗郝大通的华山派，宗孙不二的清静派。
其中以龙门派势力最大，记载也较多，其余六派所知甚少，至清初，龙门派经王常月之中兴，龙门派更盛于其他各派。
除此全真嫡系七派外，又有明初张三丰所传的支派，万历间陆西星所传内丹东派，清嘉、道间李西月所传内丹西派，盖皆属全真道之旁系。
以上派系再经繁衍，在明清时期，又分化出更多的小派，据《诸真宗派总簿》所载，即有八十六派，（含全真、正一两系），每派均有取名排辈用字。
派系分衍愈多，并不表明道教的强大，恰恰反映它的衰微。
全真教的创派祖师乃王重阳，王重阳（1112—1170年），始名中孚、字允卿，后改名嚞，字知明，号重阳。
少时醉心武学，后经吕洞宾传道度化，遂摈弃妻子儿女，学道成仙，创立了全真教，被尊为重阳帝君。
祖籍汕西咸阳大魏村，出生于庶族地主家庭，后迁终南县刘蒋村，幼好读书，后入府学，中进士，系京兆学籍。
金天眷元年(1138)，应武全真教略，中甲科，遂易名世雄。
年47，深感“天遣文武之进两无成焉”，愤然辞职，慨然入道，隐栖山林，金正隆四年(1159)，弃家外游，自称于甘河镇遇异人授以内炼真诀，悟道出家。
金大定元年(1161)，在南时村挖穴墓，取名“活死人墓”，又号“行菆”，自居其中，潜心修持2年。
三年，功成丹圆，迁居刘蒋村，七年，独自乞食，东出潼关，前往山东布教，建立全真道。
其善于随机施教，尤长于以诗词歌曲劝诱士人，以神奇诡异惊世骇俗，在山东宁海等地宣讲教法。
同时，先后收马钰、孙不二、谭处端、刘处玄、邱处机、郝大通、王处一为弟子，遂后建立全真教团，收弟子7人，后世帝国称全真教七真人，也称全真七子。
十年携弟子马钰、谭处端、刘处玄、邱处机4人返归关中，卒于开封途中，葬于终南山刘蒋村故庵(今汕西户县祖庵镇)。
王重阳主张儒、释、道三教平等，三教合一，提出“三教从来一祖风”的融合学说。