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据现在所知，最早进入帝河以南传道的全真道士是吉志通，他是汕西郃阳人。
“师乔潜道及潘清容，博学多闻。后居武当山，十年不火食。”
于中统甲子（1264）逝世，乔潜道是马钰弟子，吉志通即是马钰之再传，推其居武当山的时间，当在元宪宗时。
比吉志通稍晚，武当山又有鲁大宥和汪真常相继成为全真道士，此后全真弟子日众，武当山遂成为全真道的重要据点。
继武当山之后，全真道继续南传至苏、浙、闽、赣等地区，如居江署仪征的李道纯（或谓居凤阳盱眙），居哲江航州的徐弘道、丁野鹤、黄公望，居浙江黄岩委羽山的赵与庆，活动于江细、福剑一带的金志扬、桂心渊。
以及活动于江细、哲江、福剑一带的李珏至陈致虚一系等，他们大多是南宗道士而加入全真道者。
全真道的南传，使原来互相隔绝、但却同源于钟吕金丹派的南、北二宗（南宗与全真道）增加了接触的机会。由此经过接触，彼此认同，逐渐产生了合为一宗的要求，特别是组织松散、势力弱小的南宗更有会归全真道的愿望。
为了使二宗合为一宗，必须对二宗原来各自尊祀的祖师传系作必要的调整，使之合为一个双方都能接受的祖师系统，以便合宗后共同崇祀，这是二宗合并必不可少的工作。
在这过程中，陈致虚是积极的推动者，他根据二宗已有的成说，在《金丹大要》和《金丹大要列仙志》中，提出了如下的祖师系统。
这种安排，显然是抬高了北宗，降低了南宗，但在当时元室已封王玄甫、钟离权、吕岩、刘海蟾、王嚞等为“真君”、“帝君”的条件下，这是最好的安排，故终被双方所接受，完成了二宗的合并。
时间大约在元代中后期，全真道除合并南宗以外，元代中后期又合并了真大道、楼观道和部分净明道，成为唯一的一个丹鼎大派，与符箓大派正一道平行发展。
自元成宗即位，解除了对全真道的禁令以后，苗道一、孙德彧、兰道元、孙履道、完颜德明等相继掌教。
自苗道一起、每任掌教皆授封为真人、演教大宗师、知集贤院道教事。这是除玄教以外，其他道派掌教皆未获得过的褒封。
他们在此褒封宠遇下，都相继由清静恬淡之士变为道士官僚。他们所居之地，早已不是王嚞为之设计的远离尘嚣的茅庵，而是置诸京城的雕梁画栋的豪华宫室。
平时所为，除为皇室建斋祈福外，则是忙于与通显豪家相往还，陈垣先生称全真道上层的这种变化为“末流之贵盛。”
上层贵盛了，教务随之却退步了。前期人才济济的景象不存在了，渐显出人才凋零的景象，前期那股朝气不见了，渐显出衰老的暮气来。
全真衰落：入明以后，全真道步入衰落时期，这有它本身活力大半丧失的原因，也有明王朝所施政策的原因。
明太祖为《大明玄教立成斋醮仪》所作的御制序文中说：“禅与全真务以修身养性，独为自己而已；教与正一专以超脱，特为孝子慈亲之设，益人伦，厚风俗，其功大矣哉！”