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BC1514年，图特摩世二世死后，哈特谢普苏特根基不稳，无法实现其成为法老的抱负。她安排图特摩斯二世与妃子伊西斯所生的一个10岁男孩与自己的女儿内夫鲁利完婚后继位，是为图特摩斯三世。自己则以摄政王身份，全权管理国家事务。图特摩斯三世是法老图特摩斯二世之子（曾被认为是图特摩斯二世的异母弟）。
图特摩斯三世慢慢长大，心怀雄心不愿再作傀儡。于是，哈特谢普苏特赶在图特摩斯三世成年（16或18岁，即BC1408或BC1406）正式亲政之前，将他流放到偏远地方。
至此，哈特谢普苏特成为法老已万事俱备，只欠如何打破女性无法当朝的传统了。于是，她联合僧侣编造身世，称自己是太阳神阿蒙之女：太阳神为了让自己的后代统治埃及，化身图特摩斯一世与王后产下一女，如今，这位女子已历经磨难，可以为统治埃及的法老了。
哈特谢普苏特为了表示自己可以成为法老，戴假胡须、身着男装、束胸宽衣、手执权杖、威严无比。甚至深居简出，以至极少有人见过她本人，她的真实相貌和她的传奇故事一样神秘。
她还在神庙的石碑顶部放置许多金盘，反射太阳光芒，以向世人证明她与太阳神阿蒙的亲密关系。接着，她开始女扮男装，下令所有人用男性代名词称呼她。哈特谢普苏特如愿地成为埃及新王国时期首位、也是唯一一位女法老，是埃及第十八王朝的第五任法老。
当上法老后，她精心治国，停止了埃及向外的战争，因而动摇了埃及在叙利亚及巴勒斯坦的统治权，但没有了战争的影响，民众生活得到大大改善；战争的结束使埃及得以与邻国开展积极的商贸联系，使得埃及在她期间变得十分繁华富庶；为了奖赏神庙中的僧侣，并使自己的统治更加合法，她复修了许多古建筑、祠庙，包括底比斯的停灵庙（Deirel-Bahri）。并赠送给神庙4座高达30余米的石雕方尖碑，以歌颂太阳神阿蒙。
哈特谢普苏特执政的最后几年，任命继子、被废的法老图特摩斯三世为军队统帅。
BC1493年，图特摩斯三世发动兵变，哈特谢普苏特在兵变中被杀，同时遇难的还有她的情人、阿蒙神的大祭司森穆特，以及她的女儿、图特穆斯三世的王后内夫鲁利。也有人认为哈特谢普苏特死于毒酒。
哈特谢普苏特死后，葬于帝王谷。1903年，埃及考古学家卡特在帝王谷一座小坟墓中发现两副棺材。
考古学界一直怀疑卡特发现的两具木乃伊中，棺材中的为哈特谢普苏特的奶妈，躺在地下的则是她本人，因为“她”的右臂弯曲放在胸口，那是王室成员专有姿势。
英国《每日电讯报》报道，埃及古文物最高管理委员会在美国探索传播公司赞助下，联合国际上多名考古学家展开寻找哈特谢普苏特木乃伊的研究。卡特发现的两具木乃伊成为研究重点。
考古学家在发掘出一个标有哈特谢普苏特名字的盒子中找到一颗牙齿，经过CT扫描技术鉴定，考古学家惊喜地发现，这颗牙齿竟然和棺材中那具木乃伊口中缺失的臼齿基本吻合。经过进一步的DNA对比，考古学家认定那具木乃伊就是寻找了多年的哈特谢普苏特木乃伊。
所以之前猜测的和事实正好相反。埃及考古界认为，这一发现是自1922年发现图坦卡蒙法老木乃伊以来埃及最重大考古发现，认为它将使世界震惊。