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祖乙二年（BC1550年），由于河患，将耿都冲毁，可见巫贤献了个馊主意。祖乙在位时，他为了带领商人寻找更好的宜居城市，派人向北，到他们祖先居住的地方，寻找宜居之地。在一个叫邢的地方，发现一条龙鱼。众臣报请祖乙，认为那里必将成为龙腾之地。祖乙于是迁都于邢，并派专人饲养龙鱼，对其朝夕礼拜。
祖乙迁邢时，一部分商朝的公族没有跟随他南迁，仍然留在耿地，祖乙将他的弟弟祖丙封于耿地，建立耿国，并立祖丙为耿国国君。
祖乙在刑地营建都城，立宗庙、筑社稷、造营室。祖乙利用邢的有利条件发展农牧业，使商朝经济得到恢复与发展，商王朝再度兴盛起来。主管风水的天官（阴阳家）说：龙在则兴，龙亡则水淹。结果龙鱼死后，邢遭洪水侵袭。
祖乙于是不得不再次迁都于庇（今山东省郓城县北肖固堆一带）。庇都靠近大彭国，彭伯忠心于商朝，是商朝很好的屏障。同时，庇地自然条件优越，物产丰富，有利于农业和畜牧业的发展。
祖乙在位期间，在大彭国的帮助下数次出兵平服兰夷、班方等国，解除了东南方的夷族对商朝的威胁。商朝的社会经济得到恢复和发展，商朝国势再度兴盛。
祖乙在位时期，有名樵夫唤做万年，有一天他上山砍柴，砍完就坐在树下休息。他眼望著树影出神，心中想的，却是如何将节令定准的事。不知不觉过了大半个时辰，他才发现地上的树影已悄悄地移动方位。万年灵机一动，心想，何不利用日影的长短来计算时间呢？回到家后，万年就设计一个“日晷仪”。可是，一遇上阴雨天，日晷仪又失去效用。
有一天，万年在泉边喝水，看见崖上的水很有节奏的往下滴，规律的滴水声又启发了他的灵感。回家后，万年就动手做了一个五层的漏壶，利用漏水的方法来计时。这么一来，不管天气阴晴，都可以正确地掌握时间。
有了计时的工具，万年更加用心的观察天时节令的变化。经过长期的归纳，他发现，每隔三百六十多天，天时的长短就会重覆一次。只要搞清楚日月运行的规律，就不用担心节令不准。
万年就带着自制的日晷仪及水漏壶去觐见商王祖乙，说明节令不准与天神毫不相干。祖乙觉得万年说的很有道理，就把万年留下，在天坛前盖起日晷台、漏壶亭，又派十二个童子供万年差遣。从此以后，万年得以专心致志的研究时令。
过了一段日子，祖乙派天官（阴阳家）阿衡去了解万年制历的情况。万年拿出自己推算出的初步成果，说：日出日落三百六，周而复始从头来。草木荣枯分四时，一岁月有十二圆。阿衡听后，自愧不如，非常忐忑不安，他担心万年制出准确的历法，得到祖乙重用，会直接的威胁到他的地位。于是阿衡就以重金收买一名刺客，准备行刺万年。
无奈万年全心研究时令，几乎从不离开所住的日月阁。刺客只好趁夜深人静之时，挽起箭射杀万年。只听得嗖的一声，一箭射中万年的胳膊，万年应声倒下。童子们高喊捉拿刺客，守卫的兵士及时抓住刺客，将他扭送祖乙。
祖乙问明是阿衡的诡计，就下令将阿衡收押，亲自到日月阁来探望万年。万年就把自己最新的研究成果报告给祖乙：现在申星追上百星蚕百星，星象复原，子时夜交，旧岁已完，时又始春，希望祖乙定个节名！祖乙说，春为岁为，于是定名春节。
当时祖乙见万年为了制历，日夜劳瘁又受箭伤，心中不忍，就请他入宫调养身体，万年答道：“多谢天子厚爱，只是目前的太阳历还是草历，不够准确，要把岁末尾时也闰进去。否则，久而久之，又会造成节令失常。为了不负众望，我必须留下来，继续把太阳历定准。”又经过数十个寒暑，万年精心制定的太阳历终于完成。当他把太阳历献给祖乙时，已是个白发苍苍的老人。祖乙深受感动，就把太阳历定名为万年历，并封万年为日月寿星。
这个传说里面，日晷仪的文献记载最早见于《隋书·天文志》，其中提到袁充于隋开皇十四年（595年）发明短影平仪（即地平日晷）。而漏壶的使用据《周礼》记载，夏朝时就有。