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郭康认为，对于教会来说，就有个关键问题：教会内的各种教义、规则，到底是目标，还是手段。
曾经，公教教会面对这个问题，思路是十分清晰的，知道这些具体措施都是为了更高的目的。然而到了后来，他们却好像集体出了问题一样。
如果只是党争，反而好解释，但教会几百年间在东亚的表现，都一直处于智力没上线的状态。
如果说教士们是因为对不同文明的傲慢，那就没法解释在其他地方的表现了。当年在南美洲，教会反而不是这样。
西班牙的教士常年致力于反对迫害美洲土著，要求禁止屠杀、虐待的行为，甚至反对强迫土著人改宗。在道明会修士们的推动下，1537年，教宗颁布通谕，正式确认印第安是“理性人”，宣布他们有自由和财产权，也有皈依教会的权力，应当以和平的方式向他们进行宣讲。
在此基础上，教士们继续在世俗政权中活动，试图阻止殖民者对于当地人的剥削和奴役。在他们的推动下，1550年，查理五世下令停止西班牙人在美洲的进一步军事扩张，同时组织教士和学者进行辩论，探讨征服的合法性。辩论在巴利亚多利德大学举行，因此也被以这个名称命名。
巴利亚多利德辩论是欧洲历史上，第一次关于土著人权利和待遇的讨论，也是少有的国家层面的理论探讨。
一些教士认为，尽管印第安人存在一些野蛮习俗，但那是因为他们社会所处的文明阶段不同，这些人依旧是自然秩序中的自由人，法律地位不应比欧洲殖民者低下，没有理由受到他们的征服和严酷管制。这些理论受到君主主义者的支持，获得了很多拥护者。
但当时，一批新兴的人文主义者则对此持反对意见。他们认为印第安人有大量反自然的罪行，是不可接受的，应该通过包括战争在内，任何可能的手段加以制止。同时，这些人的行径也证明他们无法管理自己，所以需要殖民者来进行统治。这一派的观点则得到了殖民者的支持，与前者针锋相对。
双方最后谁也没说服谁，但教会的倾向十分明显，并且对社会造成了影响。1556年开始，国王就下达敕令，严格控制关于美洲的作品出版，禁止国内讨论征服的正义性问题。一些教士的笔记被专门下令封存，也禁止他们编纂新的书籍，造成社会上的思想动荡。
此外，国王甚至想了个办法，颁布了新法令，宣布今后不准再用“征服”这个词了，双方都得拿“和解”代替。只是这种改敏感词的行为，还是没能控制住社会上的舆论汹涌。
最后，1573年，国王干脆下达命令，禁止进一步的征服。虽然这种命令也管不住大西洋对岸，但闹到这种程度，已经说明事情有多离谱了。实际上，哪怕在美洲凶名赫赫的征服者首领，都有人和后方支持殖民的学者通信，希望获得他们的理论支持，来坚定信心。
杀人抢钱的事，居然还能引发道德谴责，甚至让殖民者自己都迷茫了，开始反思是不是哪里出了问题，需要进行辩经来梳理。这在后来的一些殖民国看来，可能都会觉得不可思议吧。
而更晚兴起的耶稣会，在这方面比他们还激进。发现通过游说上层无助于解决问题之后，一些神父甚至跑进林子里，开始带着土著人和殖民者作战。最后，有的殖民地干脆宣布所有耶稣会成员都是不受欢迎的人，免得他们整天制造麻烦。
但是，在东亚，这种情况却从来没有出现过。上百年的时间里，教会都处于一种想去找他参与反殖民运动的案例，都找不到的状态。
甚至，非要说清朝是个异教国家，不配帮忙，也可以，那你去参与反清也行啊——结果，这方面一样也找不到。