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二十二日（16日）早七时，种花家皇帝决定发动总攻击，将舰队分成三路进攻，剩下约80艘当后援部队，搭配采用以众击寡的“五点梅花阵”，即是五舰结为一队攻东宁的一舰。
中路共有56艘船，分成8队，每队有7艘船。由种花家皇帝亲自指挥，作为主力进攻娘妈宫。
右路共有50艘船，由路飞和郑芝龙等从澎湖港口东侧东莳攻入鸡笼屿、四角屿，之后会合中央部队夹攻荷兰军。
左路共有50艘船，由刘七十等从澎湖港口西侧内堑攻入牛心湾，让荷兰军误判白马军要在此地登陆。
天亮前，开始刮起台风。辰时（7时—9时）受台风影响，海上吹起西北风，白马军顺着风势进攻，一时处于优势，荷兰人指挥被炮击而死。
到了中午，台风受到赤道锋面带的影响，海上开始吹南风，风向转变成对荷兰军有利。种花家皇帝命令全军进攻，发射各种火器，并且以数船围攻一船，荷兰军全面崩溃。
这次决战共毙伤荷兰军1，2000人，俘5，000余人。击毁、缴获战船190余艘。荷兰人眼见大势已去，率领残余部队从北面吼门退往台湾，澎湖各岛荷兰军都向白马军投降。白马军阵亡329人，伤1，800余人。
攻下台湾的种花家军队，随郑成功及路飞巡逻海上，军力没有大幅受损。除招募的军队外，种花家皇帝以屯兵方式为主的军队简化成约数万名，如五军戎政（五军戎务）、总督军务、管军提督、将军、亲军卫镇、陆师镇、水师镇及监军数部分。
白马军将领与军队悉数被整编，最后防守的官兵共有名。有东海提督刘七十统一指挥，白莲教护法为副将。
种花家皇帝战胜荷兰人后，考虑台湾水道险恶，进军困难。圣公决定暂缓进攻，采取攻心战术，让荷兰人从内部崩溃。
种花家在澎湖禁止杀戮，张榜安民。发布《安抚输诚示》，派原荷兰人翻译赴台。同时派人医治受伤战俘，并配给他们衣服、粮食，再将士兵送回台湾。还拉拢荷兰军将领为内应，防守淡水的本地人首先私通白莲教，其他将领也跟进。
荷兰军战败消息传到台湾，人心开始不安。为了延续政权的生存，有荷兰将领提出进攻吕宋岛，得到荷兰指挥同意。却传出远征军只想抢劫，还打算逃往海外，因此最后阻止此计划。
七月十三日(9月3日)，种花家皇帝率军在台湾登陆。后来在荷兰人翻译大力主张下，荷兰军队于七月十五日（9月5日）向种花家皇帝投降，并于八月十八日（10月8日）易服，荷兰人的政权正式灭亡。
荷兰人投降后，种花家皇帝把此地并入版图，不过不少大臣认为台湾孤悬海上，治理以及防守花费不小，主张干脆封给路飞和郑芝龙管理。最后刘七十上奏以台湾战略地位重要，说服种花家皇帝将并入版图。