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酸枣那边散伙了，讨董联军从此进入各自为战的状态。
但是，董卓的压力依然没减，因为南面这一路实在太生猛，打得凉州军节节败退，到了初平二年（191）春天，围绕洛阳的争夺呈现胶着之势。
凉州军打退了孙坚的进攻，但孙坚很快重新杀了回来，前锋已到了洛阳的南郊。一向凶猛的凉州军之所以打不过孙坚，一方面孙坚确实是一员悍将，他久居凉州，知道凉州军的作战特点，所以有备而来。
另一方面，凉州军将士都知道马上要撤退了，连朝廷都迁走了，所以这段时间他们每个人的主要精力都放在了抢东西上，都在想着如何把这些东西运回去，最差劲的也要把自己活着弄回去，所以一打起来就往后跑，董卓约束部下很严厉，可这时也失去了效果。
董卓只好下令主力撤出洛阳向东运动，为了保证撤退的顺利，必须有人负责断后，这个光荣的任务落在了并州军身上。董卓命令吕布、张辽率并州军守住洛阳，为大部队撤退做掩护，他率凉州军主力向西，暂驻于渑池一带，随时可以回师长安。洛阳其实已经成为一座空城，朝廷不在了，百官要么去了长安，要么逃到了外地，吕布、张辽守着这座空城，等待孙坚的进攻。
孙坚率部向洛阳发起了进攻，吕布、张辽稍作抵抗后也撤出了，孙坚由洛阳南门之一的宣阳门攻入城中。
此时的洛阳基本上成了一片废墟，南宫和北宫一带一向是重地，附近是朝廷的重要官署和重臣们的宅邸，此时也都荒无人烟，看到此情此景，孙坚怅然流泪。孙坚命令士兵打扫皇宫和太庙的卫生，又到太牢进行了祭祀，整理邙山一带被破坏的汉室诸陵。
城南有一口甄官井，有人发现一个奇怪的现象，大白天井口不时发出异样的光亮，大家都觉得奇怪，不敢到这口井里打水。孙坚命人下到井中，在下面发现了一枚玉制印章，四寸见方，印上有一个由五条龙盘着的印纽。
这枚印章缺了一个角，印文是八个字：“受命于天，既寿永昌。”孙坚大喜过望，因为这就是传国玉玺。相传这枚玉玺取材于著名的和氏璧，上面的八个字由秦朝首任丞相李斯所书，象征受命于天，是国之重器。汉朝建立后一直由汉帝拥有，到灵帝驾崩后这个玉玺神秘地消失了，连董卓都没找到。
原来，张让、段珪等人劫持少帝仓皇出宫，当时一片大乱，负责保管玉玺的人（掌玺者）情急之下，把它投到了这口井中。这枚玉玺应归献帝所有，但他去了长安，孙坚得到这枚玉玺，暂时由自己保管起来。
关东联军虽然各自为战了，但攻克洛阳仍然算是他们取得的一场最大胜利，只是这场胜利没有激发起大家的热情，后来让大家的思想更迷惘了。
关东联军各路人马的革命意志本来就很恍惚，讨伐董卓的道理大家比较明白，但讨伐完董卓之后怎么做，大家的想法就比较多，董卓这一走，大家失去了一个共同的目标，无疑进一步勾动起每个人内心里的“活思想”。
孙坚想乘胜追击，袁术却命令他赶紧回军，因为后方出了问题。袁术表奏孙坚为豫州刺史后，孙坚在豫州也有了相当大的发展，豫州刺史部的一部分地区成了他的势力范围。当时的豫州刺史部基本控制在他和朝廷任命的豫州刺史孔伷手中，孔伷年龄比较大，身体也不好，没有多少野心，未来豫州刺史部就是孙坚的了。
谁知道袁绍这时来个了横柴入灶，派了个叫周喁的人当豫州刺史，公然来抢地盘。周喁、周昕、周昂是扬州刺史部会稽郡周氏三兄弟，周昕当过丹阳郡太守，周昂当过九江郡太守，他们跟袁绍、曹操等人早年在洛阳相识，关系一直不错。
作为关东联军的总负责人，袁绍竟然带头把筷子伸进别人的碗里，孙坚听到消息后很气愤，慨然叹道：“大家一同举义兵，救社稷，董卓刚刚被打败就干出了这样的事，我还能跟谁同心协力呢！”说着说着，孙坚又流出了泪。孙坚是一员地道的猛将，一直以硬汉形象示人，但他似乎很容易动感情，动不动就流泪。
孙坚从洛阳撤出，回击周喁，周喁败走。大概就在这个前后，孔伷因病去世，孙坚趁机把自己的势力进一步向豫州刺史部伸入，想以此为基地徐图发展。
如果一切顺利，以孙坚的个人能力，在逐鹿中原的竞赛中他将发展得最快，超过袁绍、曹操，脱离袁术也是迟早的事。
董卓率主力西撤后，留守在洛阳一带的除了吕布还有朱儁，他也是董卓留下来对付关东联军的，但他的政治立场却是反董卓的。
董卓任命朱儁为河南尹，让他带领少量人马在洛阳一带活动，阻止敌人的进攻。但朱儁一脱离董卓的控制，马上就和关东联军建立了联系，他想趁机策应联军从东面进攻洛阳，但他势力单薄，酸枣方向的几路联军那时估计都在做着散伙的打算，所以响应得也不够有力。
朱儁最终失败，被迫逃往荆州避难。董卓随后又任命了一个名叫杨懿的人为河南尹，接替朱儁在洛阳周围打游击，哪知朱儁又杀了回来，打跑了杨懿，屯兵在洛阳以东的中牟县。一直在政治上态度暧昧的徐州刺史陶谦看到董卓大势已去，突然表态支持朱儁，表奏他代理全国武装部队副总司令（行车骑将军），并派出3000名精兵支援朱儁。