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宋万化见大势已去，长叹一声：“再给我半个时辰，不，两刻钟，就可以收拾他们了，天要亡我呀。”也不管逃散的军队，带着心腹转身拍马而去。
对付溃散的军队，骑兵比步兵要强得多。周遇吉带着骑兵开始追亡逐北，边跑边叫：“招降免死！”很快大量的土兵抛下兵器，跪在地上一动不动，骑兵也不理他们，直接从他们身旁掠过，向前追去。
近卫军骑兵势如破竹，很快就扫清了水东的残军，宋万化死于乱军之中，他的几个儿子有的被杀，有的投降，手下的土司们大多都投降，少数顽抗的被周遇吉下令直接杀死。
至此，水西水东的大的战斗就全部结束了，山中残存的少股反贼已经成不了气候，而且秦良玉的白杆兵正在不停地清剿他们。
近卫军则开始休整，不久朝廷下旨，撤掉贵州宣慰司（水西）和水东司，设立水西县和水东县，划归贵阳府直管。所有没有参与叛乱的土司都维持原状，不准改土归流。
近卫军和白杆兵的战绩震慑住了土司们，永宁的改土归流则使他们惶恐不安，而朝廷的谕旨及时地将他们安抚住了，西南最大的家族安家在这一战中被一扫而空，也使得西南发生反叛的可能性大大地降低了。
历史上的奢安之乱，历时十七年，波及黔、川全省。两地巡抚均死于战祸，省府贵阳、成都都曾长期被困，牵制了明政府西南五省的兵力。更重要的是，十多年战事，庞大的军费开支对于已疲于应付北方战事及各地农民起义的明帝国来说，无疑是雪上加霜。所以后世有人认为，奢安之乱是导致明朝灭亡的最后一块落井石。而现在这块石头在不到一年的时间里就被朱由校粉碎掉了，使得大量想与奢安勾结的土司们来不及表现就熄灭了心中的蠢动，安安静静地当着他们的土皇帝，等待皇帝的下一次清洗。
皇帝圣旨也提到了封赏，秦良玉升为左都督，一品夫人，其子马祥麟袭石砫宣慰使。秦民屏升为总兵，秦翼明升为副将，张令，秦拱明均升为参将。近卫军全员回京师，并命马祥麟带领四千白杆兵前往京师轮值。
对秦良玉的任命引起了朝中大臣的强烈反对，但朱由校则认为西南需要稳定，秦良玉忠心不二，且精通兵事，可成为西南的定海神针。而且五军都督府只有统兵权，却没有调兵权，并不会使秦良玉权势太大难制，群臣这才勉强答应，当然，最让大臣们放心的是调马祥麟入京。
而之所以朱由校要马祥麟带白杆兵前往京师，并不是送人质的原因，而是因为鲁钦和周遇吉都认为白杆兵很适合特殊地形的作战，他们写信告诉卢象升后，卢象升觉得可以用来训练奇兵，所以就让他们作为班军来驻京师一年。