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六月一日，熊廷弼从家乡被召回，皇帝加了他兵部右侍郎衔。他回朝后首先要求停止贬谪攻击过他的言官，朱由校没有理他。然后他献上了著名的三方布置策：在山海关布置重兵，并在登莱，天津增兵，在广宁出兵牵制，并于海上出兵直捣建奴后方。
朱由校看了以后，又单独召见了熊廷弼，直接问他道：“熊卿的策略朕看了以后有些疑问，最主要的问题是，我们到底是侧重于防守还是进攻？”
熊廷弼汗立刻就冒了出来，他的策略，虽然说得含糊，但皇帝却直接看出了他的打算，他一咬牙道：“启禀陛下，臣准备先重防守，再等适当机会再进攻。”他的想法是不容于大臣们的，因为大臣想的是收复故地，而他却是想先守着，不思进攻，就和以前言官攻击他的一样。他在布置策中说要在山海关布置重兵，又在天津登莱增兵，其实就是想先固守再图发展的乌龟壳战术，虽然在奏折中他先说的是“广宁用骑步对垒于河上，以形势格之而缀其全力”，那不过是想掩饰一下罢了。
“朕不懂战事，然熊卿欲重兵于山海关及关内，则关外必然兵少，建奴来攻，如何应付？”
见皇帝竟然没有斥责他的意思，熊廷弼的心安定了下来：“臣有罪，臣思之，若敌来攻，则可相机而动，敌多而猛，则可先撤其兵，等敌退则又据之，敌若少，则可攻之，等其援兵来，则又撤之。”说完跪在地上，不停地叩头。
朱由校想，如果是别的皇帝，当然不会同意他这么做，大臣也不会同意，因为这是赤裸裸的畏敌呀。但是他知道，在野战中，明军想打赢建奴很难。既然如此，那当然就应当避其锋芒，他是知道游击战的，用游击战的方法来对付建奴，应该是个好办法。
“朕听说过一句话，存地失人，人地皆失;存人失地，人地皆存。熊卿看来也很明白这个道理，那朕就放心了。不过朝廷已经从澳门购买大量红夷大炮，实为守城之无上利器，等大炮运来之后，卿可择一坚城，安置大量红夷大炮，以做固守。”
“陛下圣明，臣谢过陛下隆恩。”熊廷弼明白，皇帝是想用这个方法来堵住群臣的嘴。
“朕升卿为兵部尚书，经略辽东，卿当为朕守住广宁这一条线，广宁绝不可失，其余天津，登莱朕自有安排。卿欲用何人，尽可报来，朕赐你尚方剑，有专事之权，望卿毋让朕失望。”
熊廷弼请为监军道臣高出、胡嘉栋，督饷郎中傅国昭雪，恢复官职，让他们理事。建议启用辽人原赞画主事刘国缙为登莱招练副使，夔州同知佟卜年为登莱监军佥事，原临洮推官洪敷教为职方主事，军前赞画，用以收拢辽人的心，朱由校都同意了，并下旨升熊廷弼为兵部尚书兼都察院右副都御史，驻于山海关经略辽东等处军务。