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整个故事的主线，也逐渐明朗，当母体诞生时，出现了一个能够随意让母体随着他的意志而改变的人（黑客）。
除了人类最后的城市锡安外，从母体诞生的少数人类，都是被他所释放的。
他死后，先知曾预言他会归来，并带领人类走出矩阵，重获自由。
接下来的剧情其实很简单了，恢复、强化，并且熟悉如何在矩阵中，让自己以此为基础变得更强。
如何利用矩阵中的规则，显然与现实是不同的，特警可以随意借用矩阵中任何一个人类的身体，将其变为自己，甚至可以完美地利用矩阵中的规则，在矩阵中，他们几乎可以媲美神明。
不死、化身万千、改变规则、操控时间，各种让人匪夷所思的能力，一切的一切，都能办到。
人类进入矩阵，所有遇到特警的，基本上都死了，解放人类之路，显然极为艰难。
而他们又需要进入其中，先拯救人的意识，才能拯救人的肉身，否则只能是一具没有意识的躯壳。
看到这里，基本上整个电影的世界观也在所有观众脑海中有了个雏形：对于他们这些修士武者来说，这些人就是一群科技树点偏了，全程发展法器，却不进化自身的群体，这个世界中的人类制造出了极为恐怖的人工智能法器，并且是一大群，自己一手将自己送进了地狱。
单看制造出矩阵这种东西奴役这么多人类就知道这些机器AI有多恐怖了。而现在，是这些“黑客”们的自我救赎之路。
这不是一部普通的，讨论黑客的电影，而是末日中，一场人类的革命。
这样的科技水准，显然不是他们现有的研究手段能够触及的，但这并不妨碍他们了解这一体系。
对于大部分人来说，他们可以当一部普通的电影来看，毕竟不是所有人都研究法器。
而电影中的事情也跟他们无关，他们是电影外的人。
但他们看这部电影，却确确实实地，是带着一种与以往完全不同的震撼在看的。
眼前的世界，简直是大开眼界！虽然说世界之大，无奇不有，但能到这种程度，已经完全超出所有人的想象能力了！
以至于大部分人全程都是瞪大眼，张大嘴，几乎全程没合拢过。
到了这个时候，他们相信的救世主已经找到了，或许……
他们相信，反击的时刻到了。
很显然，这一次的进攻是极为失败的，或许没发生意外还好，但意外的是，他们之间出了一个叛徒。
一个厌倦了每日都在末日的恐慌中抗争，想回到矩阵中去，当一个无知的普通人的家伙。
毕竟，无知是福。
而尼欧也并不是救世主，至少，现在不是。
或许他有那份潜力，但现在远远没达到那种地步，母体改变了设置，所有人都被困在矩阵之中。
矩阵中死亡，代表着现实中也同时死亡，这一战的伤亡可谓极为惨重，除了尼欧与女主两人逃出来，甚至连他们的首领莫菲斯都留在了矩阵中拖住特警。
与原版有些不同，原版在意识没出来的情况下，拔掉了大脑的插孔，人是立即死亡的。
但眼下系统版是意识在矩阵中慢慢消亡，而肉身则脑死亡。