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蓝光星各个方面渐渐走入正轨，前进舰队难得地进入休养生息的状态，段平不再像最开始那样忙碌，叶飞则是每天都盯着突击队的训练，除了战神号上原本的飞行机甲部队之外，其它换装飞行机甲的部队是训练的重点，那些隶属于天鹰级战舰的突击队员，也在叶飞的命令下开始接受基础飞行训练，为将来换装飞行机甲做准备。
叶飞手里没有充足的兵源，但是这一次他有充足的时间，完全可以慢慢磨练这些突击队员，不过毕竟不是什么人都有飞行的天赋，其中的一部分人注定要被淘汰出局。
好在换装之后需要的突击队员数量大大减少，淘汰一部分人对舰队的整体战斗力应该没有什么影响。
除了从现有的突击队员中选拔之外，叶飞还把主意打到了蓝光星的克隆人身上，通过严格的选拔，为突击队补充了一批新兵。
不过新兵除了接受飞行训练之外，还必须进行突击队固有的陆战训练，训练周期比各舰上的突击队员长得多，短时间内形成战斗力的可能性很小。
一名合格的飞行员至少要接受几年的训练，训练克隆人时可以将大量的数据和飞行知识直接输入他们的大脑，因而可以大大缩减训练周期，不过再短也不是几个月就能完成的。
蓝光星的飞行机甲训练艰难地逐步展开，与此同时，基地星的也开始大规模地换装飞行机甲。
徐世杰掌握的资源比叶飞多出千百倍之多。凡是不合格的立即调出机甲部队，所以全军的换装十分顺利，让得到消息的叶飞羡慕得不得了。
机甲部队开始大规模地成军，不再是实验性质的非正规编制，而且机甲部队使用突击队的番号并不适合，军方对新组建的机甲部队进行了改组，将陆战力量一分为二，一部分为保留下来的突击队，机甲部队则命名为机甲突击兵团。
蓝光星和基地星的同时发展，让共和国的武装力量进入了蛰伏期。除了留在太阳系的四艘天鹰级战舰还时不时地袭击一下亚特兰蒂斯人之外。再也没有任何军事行动。
人类虽然退让，可亚特兰蒂斯人并没有停止扩张的脚步。
前进舰队被迫退出云州星之后不久，亚特兰蒂斯人的舰队就赶到了云州星，面对只剩下空壳子的云州星系。佩里安德暴怒万分。下令摧毁了前进舰队留下的宇宙基地和卫星工厂等设施。
云州星上的星际大炮虽然做了一定的伪装。但仍然被亚特兰蒂斯人找出了一多半儿，彻底摧毁星际大炮给云州星带来了一场全球性的生态灾难。